Le jeu se déroule un an après Kingdom Hearts: Chain of Memories; soit deux ans après Kingdom hearts premier du nom.
Il suit la quête de Sora, Donald et Dingo à travers différents mondes. L'histoire commence cependant avec Roxas, un nouveau personnage, lui aussi maître de la keyblade tout comme Sora, à travers Twilight town.
Roxas et Sora sont à présent confrontés à de nouveaux ennemis, les Similis, qui poursuivent un but mystérieux.
Sora doit maintenant retrouver ses amis et protéger les mondes qu'il traverse contre une organisation qu'il connait maintenant bien: l'Organisation XIII.